Berdasarkan metabolime dan lingkungan hidupnya yang ekstrim itu, Arkhaebakteria digolongkan dalam 3 kelompok yaitu termofilik ekstrim, halofilik ekstrim, dan metanogen. Selain itu ada kelompok Arkhaebakteria tanpa dinding sel. 1. Arkhaebakteria termofilik ekstrim: Organisme termofilik dapat bertahan hidup pada suhu 45oC Organisme hipertermofilik hidup pada suhu 80oC dengan suhu optimum 70